Dikutip dari Web Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi, saat ini ada 11 Perguruan Tinggi terakreditasi A yang berada di Daerah Istimewa Yogyakarta.
Adapun Perguruan Tinggi berakreditasi A yang berada di Daerah Istimewa Yogyakarta tersebut yaitu :
- Akademi Akuntansi YKPN
- Institut Seni Indonesia Yogyakarta
- Universitas Ahmad Dahlan
- Universitas Atma Jaya Yogyakarta
- Universitas Gadjah Mada
- Universitas Islam Indonesia
- Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga
- Universitas Kristen Duta Wacana
- Universitas Muhammadiyah Yogyakarta
- Universitas Negeri Yogyakarta
- Universitas Sanata Dharma
Daftar Akreditasi Perguruan Tinggi di Indonesia lainnya dapat dilihat di Web BAN-PT Ristekdikti
